Một trong những định hướng phát triển của Viện Nghiên cứu Kinh thành là kết hợp nghiên cứu khoa học cơ bản với nghiên cứu bảo tồn, bảo tàng và nghiên cứu ứng dụng khoa học, công nghệ vào công tác bảo tồn, bảo tàng, trưng bày quảng bá giá trị di sản văn hóa dân tộc, nghiên cứu phục dựng di vật và hình thái kiến trúc cổ Việt Nam bằng công nghệ hiện đại. Đồng thời, Viện cũng thực hiện công tác tư vấn, lập và thẩm định các chương trình, dự án về khai quật, chỉnh lý, nghiên cứu khảo cổ học và về qui hoạch bảo tồn, bảo tàng và phát huy giá trị di sản văn hóa dân tộc; tư vấn giám định niên đại, nguồn gốc các loại hình di vật khảo cổ học lịch sử.